Die IT-Plattform GRANATUM vernetzt in der Krebsforschung tätige Wissenschaftler miteinander und ermöglicht es ihnen, auf weltweit erfasstes Wissen über Krebswirkstoffe zuzugreifen. Der Fundus speist sich aus über 80 unterschiedlichen Quellen wie Datenbanken, Archiven und Online-Bibliotheken. Zudem können Wissenschaftler an Universitäten, an Forschungsinstituten und aus der Pharma-Industrie auf dem Webportal gemeinsam experimentelles Datenmaterial erarbeiten. Mit Unterstützung des Portals sollen so schneller neue Erkenntnisse in der Krebswirkstoffforschung gewonnen werden.

Seit Sommer 2013 steht mit GRANATUM ein Webportal zur Verfügung, das Wissenschaftler auf der ganzen Welt bei der Krebsvorsorgeforschung unterstützt. Das Portal erlaubt, komplexe Experimente vorzubereiten und Vorstudien auf der Basis großer, bereits verfügbarer Datenressourcen zu erstellen. Unabhängig von ihrem jeweiligen Standort können Biomediziner und andere Forscher über die offen zugängliche Plattform in einer umfassenden Datenbank recherchieren, Wissen und Erfahrungen austauschen und zusammenarbeiten.

Prof. Wolfgang Prinz ist stellvertretender Institutsleiter des Fraunhofer-Instituts für Angewandte Informationstechnik FIT und Projektkoordinator von GRANATUM. »Bevor ein Forscher eine Hypothese aufstellt, recherchiert er entsprechende Literatur und bisherige Forschungsergebnisse. Diese Arbeit wird durch GRANATUM erleichtert: Das Portal verfügt über einen Hypothesen-Builder, der in unterschiedlichen Datenquellen nach thematisch relevanten Ergebnissen und Textpassagen sucht. Wird anschließend eine Hypothese aufgestellt, kann überprüft werden, ob die gefundenen Aussagen diese Hypothese unterstützen, widerlegen oder neutral dazu stehen«, so erklärt Prinz eine wichtige Funktion des Portals. Zwar existieren bereits teils umfangreiche Datenbanken zur Krebsforschung, doch die hier eingetragenen Wirkstoffe tragen oftmals keine einheitlichen Bezeichnungen. GRANATUM ist hingegen in der Lage, auf 83 dieser Datenbanken zuzugreifen und Übereinstimmungen zu erkennen. Das System vernetzt nicht nur unterschiedliche biomedizinische Quellen wie zum Beispiel Datenbanken, digitale Bibliotheken, Archive, Online-Communities und Diskussionsforen miteinander, sondern gewährleistet auch ein »Verstehen« der Begrifflichkeiten.

Mithilfe eines Simulationswerkzeugs können die Wissenschaftler  infrage kommende Wirkstoffe zur Krebsbekämpfung auf GRANATUM überprüfen, bevor sie eine Testphase einleiten. Das spart nicht nur Zeit, sondern senkt auch die Kosten. Möglich macht die experimentelle Simulation chemischer Prozesse das »in silico Modeling«. Dieses Verfahren ist in der Bioinformatik schon lange im Einsatz. »Im Fall von GRANATUM nutzen wir diese Methode, um zu prüfen, ob bestimmte Inhaltsstoffe potenziell wirksam sind oder bereits im Vorfeld ausgeschlossen werden können. Das ist zum Beispiel bei einem späteren Experiment mit Zellkulturen hilfreich«, erläutert Prinz.

Die aktuelle Version von GRANATUM steht allen Interessierten zur Verfügung, die Registrierung ist kostenlos. Die Plattform setzt zudem auf dem bewährten Shares-Workspace-System BSCW auf, das bereits vor einigen Jahren gemeinsam vom Fraunhofer FIT und der OrbiTeam Software GmbH & Co. KG entwickelt wurde. »Für GRANATUM wurde das System mit Social-Media-Elementen angereichert. Nutzer des Portals haben zum Beispiel die Möglichkeit, ein Profil anzulegen oder Microblogs zu erstellen. Außerdem gibt es Funktionen wie Taggen und Empfehlen«, beschreibt Prinz. Das vernetzte Arbeiten ist für viele Wissenschaftler jedoch noch ungewohnt. »Deshalb kann jeder Nutzer selbst bestimmen, ob er zunächst alleine oder in einem kleinen Team ein Projekt auf GRANATUM erstellt und dieses gegebenenfalls erst später für einen größeren Kreis zugänglich macht«, so Prinz.

Bereits während der Entwicklung wurde GRANATUM von Forschern in der Praxis geprüft. Testanwender waren unter anderem Projektpartner wie das Deutsche Krebsforschungszentrum in Heidelberg und die Universität Zypern. Weitere Projektpartner sind Cybion Srl. in Italien, National University of Ireland Galway, Centre for Research and Technology Hellas und UBITECH in Griechenland. Zweieinhalb Jahre lang wurde das Projekt dabei von der Europäischen Kommission gefördert. »Unser Ziel ist es nun, das System auch für Anwender aus Unternehmen zu öffnen, da es sich aktuell um eine akademische Community handelt«, erklärt Prinz. Und auch die Suche nach weiteren Verwertungspartnern zur Bereitstellung der Plattform für andere Anwendungsgebiete wird fortgeführt. (mdi)

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